در این زمینه حجت‌الله درویش عضو کمیسیون آموزش مجلس و از نمایندگان حامی دولت در مصاحبه با آریا گفت: اکثریت کمیسیون با وزارت محمود نیلی احمدآبادی مخالف است.
وی افزود: انتصاب دکتر محمد نیلی احمدآبادی به عنوان سرپرست دانشگاه تهران از سوی فرجی دانا یکی از دلایل انتقاد نمایندگان به وزیر علوم معزول بود هر چند موضوع بورسیه‌های غیرقانونی و انتصاب آقایان جعفر توفیقی و میلی‌منفرد علت اصلی استیضاح وزیر علوم بود اما انتصاب برخی از رؤسای دانشگاهها هم در استیضاح آقای فرجی‌دانا مطرح بود.
عبدالواحد فیاضی دیگر عضو کمیسیون آموزش مجلس نیز خاطرنشان کرد دولت در معرفی نیلی با مجلس مشورت نکرد.
فیاضی می‌گوید: دولت باید قبل از معرفی افراد رایزنی لازم را داشته باشد اما در معرفی آقای نیلی مشورتی صورت نگرفته است.
در همین حال صفر نعیمی، سخنگوی فراکسیون رهروان و از حامیان دولت با اذعان به اینکه دیدگاه‌ها نسبت به نیلی مثبت نبوده گفت اگر او بتواند توانایی‌اش را در معرض نمایش بگذارد، نظر فراکسیون رهروان را جلب خواهد کرد.
یادآور می‌شود اکثریت فراکسیون رهروان با وجود نظر برخی از دست‌اندرکاران آن در ماجرای استیضاح فرجی دانا به برکناری وی رأی داد.
در همین حال جامعه اسلامی دانشجویان دانشگاه تهران در نامه‌ای خطاب به روحانی، مخالفت خود را با معرفی نیلی احمدآبادی اعلام کردند. در بخشی از این نامه آمده است: در حالی که همه منتظر لبیک به دغدغه مقام معظم رهبری و مجلس شورای اسلامی بابت معرفی شخصیتی علمی و دارای مرزبندی شفاف با فتنه به عنوان گزینه پیشنهادی وزارت علوم بودیم، خبر معرفی جناب آقای دکتر نیلی احمدآبادی دانشجویان مؤمن و انقلابی را متحیر کرد. چطور فردی که صلاحیت لازم برای ریاست دانشگاه تهران را از شورای عالی انقلاب فرهنگی کسب نمی‌کرد برای به عهده گرفتن وزارت علوم معرفی کرده‌اید.
جامعه اسلامی دانشجویان تأکید می‌کند وزیر علوم نباید جزو فعالان فتنه ۸۸ باشد یا سابقه شرکت در تحصن‌های ساختارشکنانه را داشته باشد.
همچنین بسیج دانشجویی دانشکده حقوق دانشگاه تهران ضمن اعتراض به معرفی نیلی احمدی‌آبادی برای تصدی وزارت علوم نوشت: معرفی آقای نیلی بر نگرانی‌ها افزود؛ فردی که سوابق مشعشع ایشان در سال‌های ۷۶-۸۴، ایام زعامت ایشان بر پردیس فنی دانشگاه تهران و همچنین مواضع ایشان در فتنه ۸۸ بر همگان مشخص است.
در بخش دیگری از این نامه خطاب به رئیس جمهور تصریح شده است: شما که به ادعای خودتان در امنیت ملی متخصص هستید، چرا یک سال است بر سپردن زمام وزارت علوم به عوامل آشوب‌های سال ۷۸ و ۸۸ اصرار دارید؟ آیا شما واقعاً عملکرد و سابقه امثال آقایان توفیقی، میلی منفرد، فرجی‌دانا، نجفی و نیلی احمدآبادی در دانشگاه را موفق ارزیابی می‌کنید؟ عملکرد آنها و امثال آنها چه در سال‌های حاکمیت جریان افراطی دوم خرداد و چه در قضیه فتنه ۸۸ چه چیزی جز ضرر و زیان را متوجه فضای دانشگاهی ساخته است؟
این جریان دانشجویی با برشمردن برخی تخلفات نیلی تصریح می‌کند: آقای نیلی احمدآبادی در شورای عالی انقلاب فرهنگی آن قدر مخالف داشت که حتی به فرآیند رأی‌گیری جهت انتخاب رئیس دانشگاه تهران هم نرسید و برای ما دانشجویان سؤال است که شما چگونه ایشان را برای پستی بسیار سنگین‌تر و خطیرتر مناسب دیدید؟ و همچنین برای ما سؤال است که چرا شما بر مقابله با شورای عالی انقلاب فرهنگی در قضیه انتصاب رؤسای دانشگاهها اصرار دارید؟
وی افزود: انتصاب دکتر محمد نیلی احمدآبادی به عنوان سرپرست دانشگاه تهران از سوی فرجی دانا یکی از دلایل انتقاد نمایندگان به وزیر علوم معزول بود هر چند موضوع بورسیه‌های غیرقانونی و انتصاب آقایان جعفر توفیقی و میلی‌منفرد علت اصلی استیضاح وزیر علوم بود اما انتصاب برخی از رؤسای دانشگاهها هم در استیضاح آقای فرجی‌دانا مطرح بود.
عبدالواحد فیاضی دیگر عضو کمیسیون آموزش مجلس نیز خاطرنشان کرد دولت در معرفی نیلی با مجلس مشورت نکرد.
فیاضی می‌گوید: دولت باید قبل از معرفی افراد رایزنی لازم را داشته باشد اما در معرفی آقای نیلی مشورتی صورت نگرفته است.
در همین حال صفر نعیمی، سخنگوی فراکسیون رهروان و از حامیان دولت با اذعان به اینکه دیدگاه‌ها نسبت به نیلی مثبت نبوده گفت اگر او بتواند توانایی‌اش را در معرض نمایش بگذارد، نظر فراکسیون رهروان را جلب خواهد کرد.
یادآور می‌شود اکثریت فراکسیون رهروان با وجود نظر برخی از دست‌اندرکاران آن در ماجرای استیضاح فرجی دانا به برکناری وی رأی داد.
در همین حال جامعه اسلامی دانشجویان دانشگاه تهران در نامه‌ای خطاب به روحانی، مخالفت خود را با معرفی نیلی احمدآبادی اعلام کردند. در بخشی از این نامه آمده است: در حالی که همه منتظر لبیک به دغدغه مقام معظم رهبری و مجلس شورای اسلامی بابت معرفی شخصیتی علمی و دارای مرزبندی شفاف با فتنه به عنوان گزینه پیشنهادی وزارت علوم بودیم، خبر معرفی جناب آقای دکتر نیلی احمدآبادی دانشجویان مؤمن و انقلابی را متحیر کرد. چطور فردی که صلاحیت لازم برای ریاست دانشگاه تهران را از شورای عالی انقلاب فرهنگی کسب نمی‌کرد برای به عهده گرفتن وزارت علوم معرفی کرده‌اید.
جامعه اسلامی دانشجویان تأکید می‌کند وزیر علوم نباید جزو فعالان فتنه ۸۸ باشد یا سابقه شرکت در تحصن‌های ساختارشکنانه را داشته باشد.
همچنین بسیج دانشجویی دانشکده حقوق دانشگاه تهران ضمن اعتراض به معرفی نیلی احمدی‌آبادی برای تصدی وزارت علوم نوشت: معرفی آقای نیلی بر نگرانی‌ها افزود؛ فردی که سوابق مشعشع ایشان در سال‌های ۷۶-۸۴، ایام زعامت ایشان بر پردیس فنی دانشگاه تهران و همچنین مواضع ایشان در فتنه ۸۸ بر همگان مشخص است.
در بخش دیگری از این نامه خطاب به رئیس جمهور تصریح شده است: شما که به ادعای خودتان در امنیت ملی متخصص هستید، چرا یک سال است بر سپردن زمام وزارت علوم به عوامل آشوب‌های سال ۷۸ و ۸۸ اصرار دارید؟ آیا شما واقعاً عملکرد و سابقه امثال آقایان توفیقی، میلی منفرد، فرجی‌دانا، نجفی و نیلی احمدآبادی در دانشگاه را موفق ارزیابی می‌کنید؟ عملکرد آنها و امثال آنها چه در سال‌های حاکمیت جریان افراطی دوم خرداد و چه در قضیه فتنه ۸۸ چه چیزی جز ضرر و زیان را متوجه فضای دانشگاهی ساخته است؟
این جریان دانشجویی با برشمردن برخی تخلفات نیلی تصریح می‌کند: آقای نیلی احمدآبادی در شورای عالی انقلاب فرهنگی آن قدر مخالف داشت که حتی به فرآیند رأی‌گیری جهت انتخاب رئیس دانشگاه تهران هم نرسید و برای ما دانشجویان سؤال است که شما چگونه ایشان را برای پستی بسیار سنگین‌تر و خطیرتر مناسب دیدید؟ و همچنین برای ما سؤال است که چرا شما بر مقابله با شورای عالی انقلاب فرهنگی در قضیه انتصاب رؤسای دانشگاهها اصرار دارید؟
مرجع : کیهان
به چه کسانی رای می دهم و چرا؟ 
